Đối với Dự án thành phần 1: do nhiều yếu tố chủ quan và khách quan, phương án đầu tư theo hình thức Hợp đồng BOT bằng 100% nguồn vốn của Nhà đầu tư không khả thi. Nhằm đảm bảo hiệu quả tài chính và cân đối nguồn vốn đầu tư nhưng vẫn đáp ứng các yêu cầu về kỹ thuật của dự án, được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT đã có Quyết định số 1309/QĐ-BGTVT ngày 17/5/2013 tách và phê duyệt Dự án thành phần 1 “Đầu tư xây dựng cầu Cổ Chiên theo hình thức Hợp đồng BOT” thành một dự án độc lập. Tổng nguồn vốn đầu tư là 2.308 tỷ đồng. Trong đó phần vốn của Nhà đầu tư là 1.264 tỷ đồng (54,7%) do Liên danh Tổng công ty Xây dựng công trình giao thông 1, Công ty CP Đầu tư Xây dựng Tuấn Lộc và Công ty Cổ phần Đầu tư Năm Bảy Bảy làm Nhà đầu tư; phần vốn Ngân sách Nhà nước là 1.044 tỷ đồng (45,3%) do Bộ Giao thông vận tải làm chủ đầu tư, Ban Quản lý dự án 7 làm đại diện Chủ đầu tư, thời gian thi công dự kiến khoảng 29 tháng, hoàn thành vào đầu năm 2016.
Tại lễ khởi công, Bộ trưởng Bộ GTVT Đinh La Thăng nhấn mạnh: trong điều kiện nguồn vốn khó khăn nhưng Chính phủ vẫn dành cơ chế đặc thù cho dự án là Nhà nước tham gia vào một dự án BOT với nguồn vốn trên 30%. Đây là điều quan trọng chỉ riêng dự án này mới có. Điều này để thấy rằng ý nghĩa quan trọng của dự án đối với sự phát triển kinh tế xã hội của hai tỉnh Bến Tre, Trà Vinh, Sóc Trăng và cả vùng ĐBSCL.
Chính vì cơ chế đặc thù đó mà Bộ trưởng yêu cầu nhà đầu tư thực hiện các biện pháp thi công đặc biệt, chuẩn bị đầy đủ máy móc, nhân lực, vật lực triển khai thi công ngay để đến tháng 7/2015 là hoàn thành, rút tiến độ xuống còn 24 tháng.